唐高宗年间，汴州县令汪子峰一家突遭横祸，全家上下惨遭杀害，主人公狄仁杰被歹人陷害含冤入狱。狄仁杰的随从墨雨救主心切，带领数十百姓拦路喊冤，求救于途径此地的河南黜陟使阎立本。几经波折，墨雨的诚意打动黜陟使大人，阎立本不顾统领赵宝的阻拦答应前往狱中会见狄仁杰。不料，赵宝请出圣旨要求阎立本速速回朝，就在阎大人领旨回朝之际，墨雨不顾危险用炸药炸毁山路，恳请阎大人在汴州停留为狄仁杰伸冤。阎立本颇为动容，随墨雨前往狱中探望。来到狱中，阎立本见狄仁杰身无枷锁自由出入牢房，一众犯人皆高唱歌谣，赞颂狄仁杰，控诉驻军首领萧朝天。

红巾蓝凌姐妹俩很快便解决了那些埋伏的人，随后却遇见武六武七兄弟俩。武六武七被萧朝天收买，狄仁杰交代红巾蓝凌与他们交手时一定要小心。经过激烈的打斗，红巾蓝凌均有受伤，此时又来了一群萧朝天的手下，狄仁杰提醒红巾蓝凌姐妹别再与他们纠缠而离开。阎立本随萧朝天进了衙门，但他表示得等狄仁杰前来，待狄仁杰亲自向他解释后再做定论。萧朝天称阎立本此番可是得到阴曹地府去等狄仁杰了，因为狄仁杰越狱，他已经派人前去捉拿狄仁杰。萧朝天不明白狄仁杰杀害汪子峰一家的案子明明证据确凿，为何阎立本非说疑点重重。

狄仁杰证明了他自己不是杀死汪子峰的凶手，萧朝天也得到了应有的报应。红巾表示此处也没有她与蓝凌的事，不过蓝凌却指出她与红巾之间的事还没有结束。阎立本感慨若不是昨晚临行前狄仁杰振聋发聩的一番言语，他可能已经成了另外一个汪子峰，从此受萧朝天的控制。当然，阎立本也要感谢炸毁官道的墨雨，否则汴州也没有惊心动魄的漫漫长夜。阎立本欲推荐狄仁杰去长安为官，狄仁杰推辞，他更愿意留在汴州，远离庙堂，这样可了解百姓的疾苦，为百姓做点实事。红巾与蓝凌在树林外欲决斗，蓝凌称她与红巾虽然不是亲生姐妹，但从小被师父收养在门下，感情如同亲姐妹，而狄仁杰说得对，她们不能因为一个男人而伤了感情，两姐妹和好如初。蓝凌指出她们现在去大漠报仇再回汴州履行诺言。

慕容清指出蛊毒发作最快需要一个时辰，因此不能说出午时之后行踪的人便是凶手。蒋昊晨审问仇一帆午时之后在什么地方，结果仇一帆没有回答，而是一直望着门口。在远处的狄仁杰自言自语道既然不是仇一帆杀的王昭燕，那仇一帆为何一直看着门口，不过狄仁杰也知道王昭燕确实不是仇一帆所杀。仇一帆无话可说，蒋昊晨下令将仇一帆收押进大理寺候判。此时常振风站了出来，他指出谁要敢动仇一帆，得先过他这一关。结果仇一帆却对常振风动手后逃回屋内，阎立本下令抓住仇一帆。慕容清冷静地说不需要，因为仇一帆逃不出她的一根线，再说仇一帆也是她引出狄仁杰的鱼饵。狄仁杰在一旁观察墨雨与仇一帆打斗，阎立本相信智慧过人的狄仁杰一定能查出王昭燕的死因。狄仁杰不知道是谁杀死的王昭燕，但他却可以证明仇一帆不是杀害王昭燕的凶手。狄仁杰下令给仇一帆松绑，慕

阎立本问蒋昊辰觉得狄仁杰如何，蒋昊辰没有回答阎立本，而是同阎立本说起弈博术。这个弈博术没有一招半式，只是思想法门的口诀，洞悉敌人接下来的每一步并计算出对应方式，便可预先设下陷阱，让敌人跌入自己设计的陷阱死局而不自知。狄仁杰懂得弈博术，一开始故意做出错误判断，让仇一帆更加依赖他，狄仁杰便可以把仇一帆玩弄于股掌之中。阎立本问蒋昊辰是否愿意与狄仁杰较量一番。王浩德焚烧了王昭燕的尸体，而大家都在猜测是王昭燕不满王浩德逼她嫁给仇一帆才会服毒自尽。王昭燕一案有太多的疑点，狄仁杰问王浩德就不想查明真相。其实王浩德也想查明王昭燕的死因，只是他眼下与蒋昊辰手中有一个案子搅得他已经没有心力。那宗案子牵扯到宗室，虽说王浩得很想请狄仁杰帮忙，只因不便外泄。此时，蒋昊辰前来，他劝王浩德就为狄仁杰破例一次，因为他们俩联

狄仁杰知道武媚娘还有事没有告诉他，但正因为如此，他才相信武媚娘不是凶手。武媚娘很爽快地承认了有身孕一事，却没有说孩子的爹是谁，虽说狄仁杰已经猜出孩子的爹是谁，但这个人说不得，只得等孩子爹亲口说出才可。王浩德劝狄仁杰退出此案的调查，他称王昭燕一案狄仁杰无辜被牵连，他已经于心不忍。王浩德并不是不想知道真相，而是有时真相更令人难以承受。王浩德请狄仁杰答应他若此案威胁到性命，狄仁杰得立刻辞官回乡，从此不再涉足官场。慕容清独自一人在客栈饮酒等着狄仁杰，狄仁杰在客栈楼下望着这样的慕容清心情复杂万分，他回忆起当年在药王谷拜师学艺与慕容清相处的点滴，而他用铁笔做暗器防身是慕容清所教。

世间根本没有自己掐死自己的毒，狄仁杰完全不接受慕容清的说法。慕容清生气地说是狄仁杰孤陋寡闻，并让慕容宝与她离开。长安城已经全城戒备，蒋昊辰劝慕容清回客栈休息。慕容清称她要离开长安城自有办法，不过现在心情好，想要去西市逛逛。蒋昊辰在酒馆准备了一桌酒菜，邀请狄仁杰与墨雨一起用餐。街上很乱，慕容宝劝慕容清还是回客栈，再说姑姑可是让她保护慕容清的安全的，若出事了，她如何向姑姑交代。慕容清表示她现在是药王山庄庄主，要解雇慕容宝。常振风带着长乐帮的弟兄四处寻找狄仁杰，而狄仁杰与蒋昊辰均发现了常振风。

慕容清走了出来，承认自己研制出了毒药“捏死我的温柔”的样品，蒋昊辰将所有人押往感业寺，并请来阎大人听审。在感业寺内，慕容清说出了王昭燕之死的真相，原来王昭燕另有心上人，不愿嫁与仇一帆，恳请慕容清帮助自己假死然后和情郎远走高飞，慕容清为其配制了苗蛊，之后发生了婚礼惨死一幕。慕容清继而道出“捏死我的温柔”一毒与普世殿密杀一案关系密切，并说出一代毒师洛红尘以及“红尘六绝”的厉害。

大理寺的天机堂不仅搜集资料，还会对资料做出分析，其中全是能人异士，彼此并不知道彼此，他们以个人身份效忠天策府，却能做到府令一出，人人出动。虽表面上看风平浪静，实则暗潮涌动。天策府后来销声匿迹，而现在的天机堂就是以前的天策府。蒋昊晨让阎立本回避下，而他通过机关打开一扇门，随后带着阎立本进入。阎立本听闻大理寺深不可测，今日一见真是大开眼界。蒋昊晨表示这还只是天机堂的一部分。蒋昊晨向申大人汇报王浩德一案与红尘六绝有关，有可能是洛红尘的后人所为。红尘六绝是申大人最不想听到的名字，他命丙丁把一些案号的卷宗拿过来。朝堂有个叫天机堂的机构，专门负责搜集资料。江湖上也有一个像天机堂一样的地方，不过这个地方不效忠任何人，因为只要舍得花银子，就能够得到任何想得到的消息，而这个地方就叫城隍庙。狄仁杰决定求上一签，

王昭燕给慕容云穿上了最可怕的衣服——解铃还需系铃人，同时指出只要慕容云交出女为悦己者容，她便放过慕容清和药王山庄的所有人。狄仁杰与慕容清赶回山洞，却见已经穿上那件衣服的慕容云。慕容清欲帮姑姑解开那件衣服，但结果只是徒劳。姑姑知道洛红尘当年打造这件衣服，目的就是让穿的人受尽临死前的折磨，而让救的人受尽救不了人的痛苦，所以这件衣服才会成为世界上最可怕的衣服。狄仁杰问姑姑是不是杀了洛秋山，而她在知道王浩德的事后，所以才加派了药王山庄的守卫，是怕王昭燕来复仇。姑姑承认是她杀了洛秋山，而王浩德也跟那件事有关。她劝狄仁杰不要再追查王浩德的案子，因为有些人是惹不起的。临死前，姑姑还附耳同慕容清说了一些话。

王昭燕在普世殿的密室里找到了解铃还需系铃人，这个时候王浩德进来了，她就躲在殿中不出来。狄仁杰指出王浩德进入殿中是为了救王昭燕，因为他怀疑杀死御医的凶手仍然在殿中，所以让阎立本加派人手和王浩德一起搜查普世殿。可王浩德害怕他先找到王昭燕，所以先他一步进入殿中。王昭燕解释王浩德进殿并不是为了救她，而是向她认罪。王昭燕指责王浩德一早就知道她的真实身份，王浩德承认他确实是当年杀死洛秋山的凶手之一，这一生做得最后悔的事就是杀死洛秋山。王昭燕一开始还不敢相信，十年来，她把王浩德当救命恩人，现在她要替哥哥洛秋山报仇杀了王浩德。王浩德解释他收养王昭燕是不想让别人知道她是洛秋山的妹妹，为了保护她，不然她的下场就会跟洛秋山一样。

捏死我的温柔随风扩散，所以放毒的人十之八九藏身在上风之处，狄仁杰交代慕容清他们注意风向。离开时，慕容清特地交代狄仁杰不能把身上的银针拔下，否则性命难保。狄仁杰邀请武媚娘同他一起进普世殿，而武媚娘在此修行三年，狄仁杰让武媚娘帮忙回忆每一个东西所放的位置，他要把那些东西全部恢复原样。眼下有三件事必须完成，进宫面圣、找出放毒的人和救狄仁杰，三件一件都不能少，不分头行事肯定不能完成。阎立本决定自己一个人进宫，慕容清称这也不失为一个好办法，她让墨雨去找出放毒的人，她则回去救狄仁杰。

狄仁杰发现观音像很像洛秋燕，找到了可以破解普世殿所有秘密的因果之线。观音像是洛红尘依照他妻子的相貌雕造出来，因为洛红尘为了打造六绝而废寝忘食冷待妻子，内心愧疚却又不能自拔沉浸在六绝之中，于是为了忏悔而建成了普世殿并把宝藏的秘密藏在了普世殿。普世殿就是洛红尘忏悔一生的殿堂。春雨绵绵妻独宿根本不是谜语，而是洛红尘妻子一生的写照，也是洛红尘的原罪。

狄仁杰叩谢皇上恩典，但他不想当大理寺少卿，还是想当回汴州判佐。阎立本称狄仁杰这是疯了，狄仁杰解释他只喜欢和百姓打交道，况且判佐虽然身份低微，但却是最能体会民生百态的职位。而国以民为本，只要百姓生活好，大唐自然更加繁荣昌盛。蒋昊辰不但欣赏狄仁杰的才智，更欣赏狄仁杰的为人，称交定狄仁杰这个朋友了。难得蒋昊辰不嫌弃，狄仁杰也交定了蒋昊辰这个朋友。

客栈假老板娘被识破后只得逃跑，墨雨在柴房看见真正的老板的尸体便确认那个假老板娘是凶手。狄仁杰与墨雨追了出去，但在追了一段路后，狄仁杰说不追了，因为一个武功如此高强的女人杀人根本不用流一滴血，可那女子留下的线索太明显，狄仁杰猜测女子是有意让他怀疑是杀人凶手，引起他的好奇心去销金窝。女子之前讲销金窝的杀人事件也是同一个目的，就是引诱他们去销金窝。

听着独孤峰说昨晚的情况，狄仁杰便明白为何会有人说是风中重生，夜鹰复仇。烈阳就是被守护风之沙城的夜鹰大神所杀，头也是被硬生生地扯下来，而飘在天空的女鬼正是七年前风之沙城的城主。独孤峰说起昨晚花非花没有受伤，而是昏睡在榻上，还有点衣衫不整。霸千秋便推论是花非花与烈阳所赌的就是七年局的信物，最后花非花输了不惜牺牲色相来换取。烈阳不为所动，花非花就动了杀机。大漠曾经有一座神秘的风之沙城，却被霸千秋给毁灭，还杀了城主加玛丽。加玛丽死前向霸千秋下了血咒，七年之后，加玛丽重生之时，夜鹰大神便会显灵，为风之沙城复仇。

从未赌过的狄仁杰问牌九怎么玩，结果被在场的几人取笑。墨雨想知道赌局是否结束，于是让蓝凌带他前往极乐大牢，结果两人却被守卫给拦下。墨雨称他们是狄仁杰的侍从，蓝凌解释墨雨才是侍从，而她不是。就在两人争执之时，狄仁杰与花非花从极乐大牢里出来，他让大家先别跟他说话，让他先冷静一下。独孤峰提醒狄仁杰与花非花两人若是透气够了，就回到赌局中，因为赌客都得接受严密的保护。狄仁杰告诉墨雨他不仅赢了还多了一个有关风之沙城的秘密，随后讲述了赌局上的事。第一次赌牌九的狄仁杰赢了霸千秋，霸千秋怒称狄仁杰不可能是第一次赌牌九。玲珑嗤笑霸千秋愿赌不服输，赌品怎么变得如此不堪。无奈霸千秋只得服输，而在说出这个秘密之前，狄仁杰向霸千秋提出将能辨别谎言的蛇神请出来。狄仁杰想知道的是有关七年前风之沙城消失的秘密，玉玲珑和其他赌客

狄仁杰让红巾蓝凌随他与墨雨一起去鲤跃门吃个早饭，而这顿早饭不要他们付钱，店小三会做东。狄仁杰知道店小三也是长街的杀手，但在早上长街的杀手攻击离开销金窝的人的时候，店小三根本没有出手。狄仁杰知道店小三已经厌倦了为人卖命的日子，只想在这个鲤跃门谋取利益，所以求安稳就是店小三的弱点。狄仁杰知道红巾和蓝凌来销金窝是另有所图，但他希望红巾和蓝凌再帮他一个忙，就是找销金窝现在所剩的人来问话，问他们是在什么地方听到的女鬼的声音。在一番问话后，蓝凌发现极乐大牢直到大街和城门的方向可以听到女鬼的声音，其他位置都听不到。只是奇怪女鬼在天上飞，为何地上的人却是听到耳边唱歌。狄仁杰独自一人来到大漠，他貌似找到了“加玛丽”。

虽然现在不知道凶手是谁，也没有查清帮凶的真实身份，但狄仁杰敢肯定加玛丽复生、夜鹰大神复仇全都是假的，只是凶手布置的一个杀局，而凶手一个人是完成不了这些事情，因此花非花不是凶手，所以霸千秋把花非花交给马贼王也没有用，因为就算霸千秋把花非花交给马贼王，销金窝也难逃一劫。七年局就是一个不详的赌局，狄仁杰劝大家不要再继续了，否则死的人会更多。结果那些赌客都不愿退出，霸千秋便宣布七年局今晚戌时如常举行。

玉玲珑说她引狄仁杰来销金窝的目的是因为她还爱着霸千秋，虽说不值得，但霸千秋却是她这一生唯一所爱。玉玲珑与霸千秋在赌场认识，她爱上的是霸千秋在赌局中的豪气与胆识，只是霸千秋走火入魔了，她便劝霸千秋戒赌，结果霸千秋一怒之下竟将她给休了。玉玲珑参加七年局是想让霸千秋输得一无所有，这样霸千秋才会觉醒，才会变回一个有良知有人性的人。结果却发生了烈阳之死，玉玲珑担心马贼王迁怒霸千秋，刚好狄仁杰在大漠出现，自然引他们到销金窝，希望他们帮忙找到凶手。

狄仁杰奇怪是谁为加玛丽设的灵位，又是谁供奉的鲜花。狄仁杰将无字天碑放在加玛丽冰棺前面一只鹰的机关里，随后发现无字天碑上有磁石所磨成的粉末。狄仁杰顿时明白无字天碑的夹层内藏着由铁丝所组成的文字和图形，只要沾上磁粉就能显现出来。狄仁杰在密室里面找到好几个箱子，结果箱子全都是空的，根本没有所谓的宝藏和蓝田玉石。

墨雨拿着那支花找到飘飘，飘飘指出那花叫风中忘我，只有在风之沙城才能生长的花。墨雨指出加玛丽生前很喜欢这个花，而飘飘特地种了这种花供奉加玛丽，他问飘飘与加玛丽是什么关系。飘飘称加玛丽是她的姐姐，此时红巾着急忙慌地跑来说极乐大牢出事了。狄仁杰与马贼王见面，马贼王说他可不会因为狄仁杰不懂武功而手下留情。狄仁杰知道马贼王喜欢杀人，所以他没有十足的把握是不会与马贼王打这个赌的。而他用生命做赌注，就问马贼王一个问题。狄仁杰接了马贼王一招不死，马贼王指出现在离日落还有一个时辰的时间，销金窝会毁在他的手中，而他念狄仁杰是条汉子，劝狄仁杰不要再回销金窝而是去逃命。狄仁杰不会逃，因为他的朋友正在销金窝里等着他。

突然沙暴来袭，狄仁杰醒来时已不见慕容清、红巾和蓝凌，只见墨雨问狄仁杰前面的那个酒馆是不是上次那个酒馆，而他们又回来了。墨雨发现客栈老板的尸体不见了，而他有一种说不上来的奇怪感觉。狄仁杰说像一场梦，一场沙暴将他们从这里带到了销金窝，历经生死后，又回到了这里，虚幻却真实的梦。狄仁杰不知道花非花是不是真的是慕容清，他与墨雨在大漠四处找寻，却怎么都打听不到慕容清、红巾和蓝凌的消息，也没有人听过销金窝这个地方，仿佛销金窝就从来没有在这个世界上出现过一样。三个月后，狄仁杰和墨雨只得放弃，返回了汴州。

宴会上，伶人排演了三把宝剑的故事，师爷听了指责伶人胡编乱造，因为三铁骑与将军共生死，不可能杀死将军。伶人委屈又害怕地表示是黑风寨送来的戏本，他们也只是照着排演。师爷向濮王解释是他安排不妥，濮王指出中间定有误会，他提出先让伶人们下去，以免坏了今晚的兴致。上官将军急急来报曲大人死在了前厅，黑风寨可能有刺客，而他已经将黑风寨团团护住。上官将军担心濮王的安全，便打算护送濮王和慕容清离开黑风寨，同时下令其他人等一律不得出入黑风寨。此时又有人来报武殿着火了，而三把宝剑不见了，只见剑鞘。黑风寨是十分地危险，上官将军已经将曲冲的死讯上报给朝廷，现在护送濮王和慕容清离开。濮王带着慕容清离开，但他看得出来，慕容清心心念念着狄仁杰，根本不舍得离开。

上官将军带兵包围了黑风寨，却发现黑风寨的人好像全都逃走了一样。但上官将军一直驻守在山下，肯定黑风寨的人没有逃。狄仁杰带着大家骑着马在原地打转，目的是把士兵引过来，然后他们再冲向山谷。大当家一直听说狄仁杰断案如神，却不料狄仁杰也有领兵作战的才能。狄仁杰解释他也没有十足的把握，但这是老天在帮忙。上官将军听到了马奔跑的声音，于是带兵往狄仁杰他们这边赶来过来。

武殿的大火并非是将军的复仇之火，狄仁杰指出箭堆正是点燃大火的起点，真正点火的人不是守卫，一切都是有人事先设计好。点燃火的不是人，也不是将军的鬼魂，而是铜像的护心境。凶手是利用太阳照射护心境的时间和反射光线来控制大火，大火燃烧和曲冲被杀是同一时间，狄仁杰怀疑设计武殿大火一案的人必定是熟悉武殿的人，而对武殿熟悉的人只有黑风四虎，他们现在是离真凶更近一步了。

蓝凌昨晚喝了酒，一早醒来头还有些痛，便四处走走，然后走到了凉亭遇见大当家。大当家说约了人，蓝凌便准备离开。大当家问蓝凌是否相信伶人们所演的故事，蓝凌称真真假假无法判断，再说那只是故事，这世上有真正的情义，而她相信黑风寨。蓝凌刚转身要离开之时，大当家就被人用鱼肠剑给杀了，蓝凌没有看见凶手，因为凶手很快就消失了。上官将军带来圣旨，皇上命狄仁杰在濮王担保起的三日内全权负责这个案件，查出真凶。上官将军已经加派了兵驻守黑风寨，同时下令即刻起，除了狄仁杰一人外，其他人不得擅自出入寨中。离时限两日不到，明日子时狄仁杰若再查不出真凶，上官将军就要带兵攻入黑风寨，到时就连濮王都不能阻拦。狄仁杰安排师爷将蓝凌关入阁楼，红巾生气狄仁杰不相信蓝凌，也不明白狄仁杰为什么要这么做。

狄仁杰在回黑风寨的山路上想着神七说的那首诗时遭一黑衣人袭击，幸得慕容清及时出现并救下狄仁杰。黑衣人趁慕容清不备时将手中剑扔向狄仁杰，慕容清替狄仁杰挡下那一剑，结果手臂却不幸地被有毒的暗器所伤。狄仁杰拉着慕容清躲避黑衣杀手的追杀，两人一同掉下山崖。狄仁杰迟迟未归，墨雨与红巾十分担心，此时濮王的人过来通知说狄仁杰可能出事了，因为濮王派慕容清暗中保护狄仁杰，并告知无论归来与否都得报平安信，可直到现在濮王还没收到慕容清的平安信。红巾不愿相信慕容清在暗中保护狄仁杰，墨雨指出现在不是纠结此事的时候，而是得赶紧去山林中找狄仁杰。

红巾指出不能仅凭蓝凌是孤儿就判定蓝凌是将军的后人，墨雨称蓝凌整个宴会都没有离开，因为他喜欢蓝凌，所以一直看着蓝凌，因为喜欢蓝凌。二当家请狄仁杰将他当作凶手交给朝廷，这是两全之策，再说凶手没错，只是想报仇，而他也正好赎罪。狄仁杰没有答应。墨雨让狄仁杰不要将他刚刚跟二当家说的话告诉蓝凌，称他急中生智是为了救蓝凌。狄仁杰知道墨雨不会为了救人而撒谎，所以他指出墨雨在宴会上一直看着蓝凌是真的。红巾没想到墨雨暗恋蓝凌，不过她向墨雨保证不会告诉蓝凌这件事。红巾不解狄仁杰为何不跟二当家说春红和他们所怀疑之事，狄仁杰解释因为他们没有真凭实据，指出凶手是利用大家都想尽快地交出一个人来解围的心理，好让凶手自己全身而退。

师爷要将那些忘恩负义的人一一地杀死，只是可怜了冷月已经被大火烧死了。此时墨雨却带着冷月前来，蓝凌指责冷月，称他们真心待冷月，冷月为何要利用他们。原来狄仁杰料到冷月接下来要杀的人便是二当家，于是安排墨雨去保护二当家。冷月果真出现在那个密室里，二当家说他愿受冷月的一剑。墨雨上前阻拦与冷月交手，结果二当家却推开墨雨，死在了那柄湛卢剑下。狄仁杰指出一命抵一命，所以得抓冷月归案。冷月表示大仇已报，他已无遗憾。此时师爷挟持濮王威胁他们放走冷月，并将他上给朝廷交差。狄仁杰指责师爷说冷月是他唯一亲人，可他却只教冷月记住仇恨。蓝凌提起在阁楼时，冷月曾经说他这一世长这么大，从未体会过什么是真正的爱。而冷月是一个鲜活的生命，要过光明正大的生活。师爷听了很愧疚，束手就擒。

玉珍公主发出请柬，邀请王皇后和萧淑妃前去三清观打醮，王、萧二人都感到媚娘的存在对自己是个威胁，两人同时求签，不料二人之签竟然相同。玉珍公主引二人前往道姑季玄瑜处听解签，季玄瑜道出武媚娘乃是修行五百年的狐狸精，要加害于皇上，劝王、萧二人化敌为友共同对付武媚娘。

当夜，李治再次听到媚娘寝殿的敲门声，但媚娘却仍然酣睡如常，季玄瑜的话不断回响在李治耳畔，李治不禁汗毛倒立惊悚万分，遂仓皇离去。狄仁杰回到汴州，辅佐知府大人断案，阎立本突然造访，道出宫中一系列变故，季玄瑜用照妖镜将媚娘显形，高宗将其软禁，其后让阎立本暗中找狄仁杰进京查明真相。狄仁杰率墨雨及红、蓝姐妹跟随阎立本进宫面圣，在太监王福的帮助下，主仆四人扮成太监宫女混入后宫，分派到武媚娘寝殿负责照顾武媚娘。寝宫内，狄仁杰再次与武媚娘相会，并得到重要证据。

关于季玄瑜的身世来历，天机堂竟然没有任何记载，狄仁杰从申天命之处知道了透光镜的存在，时蒋昊辰将无字天碑交于申天命，并说出此物与“红尘七绝”有关。朝堂之上，李治再次提及接濮王回京参加祭祖大典，长孙无忌竟然首肯，但要求大典结束后濮王必须速速离京。狄仁杰命蓝绫、红巾偷取季玄瑜的镜子研究，自己和墨雨出宫找城隍探寻季玄瑜的消息，没想到其背后的势力是城隍都不能说，却从城隍口中得知世上还有神镜书生可造透光镜。

宫中红、蓝两姐妹偷取季玄瑜的铜镜，红巾忍不住一并偷走了印有盗圣标志的首饰盒，狄仁杰反复查看铜镜并未发现异样，只得还回。王皇后突然头疼欲裂，季玄瑜继而在武媚娘宫中搜出红巾盗回的首饰盒，盒内竟然藏着扎满银针的木头小人，小人身上写着王皇后的姓名。季玄瑜污蔑武媚娘在宫中行厌胜之术，媚娘被打入冷宫，红巾、蓝绫二人被狄仁杰大骂愤然离开。

今天还是白粥素菜，墨雨抱怨冷宫的伙食太差，狄仁杰给墨雨看他一早溜出宫在长安凤祥记买的小笼包。宫里在议论季玄瑜要在中秋那日表演白日飞升，人选就是大理寺丞申天命和一个叫莺莺的女囚。狄仁杰来到冷宫，却见到给武媚娘治病的慕容清，两人相对无言。武媚娘向狄仁杰解释慕容清现在是太医署的医女，而慕容清已经忙了一个晚上，武媚娘安排狄仁杰将慕容清送回去。狄仁杰感谢慕容清给武媚娘看病，只是不明白慕容清为何出现在太医署。慕容清说太医署名医云集，是个钻研和学习的好地方，难道她报考太医署有错。狄仁杰想不通慕容清离他而去目的就是为了钻研医术。

季玄瑜选狄仁杰去压宅，皇上说正是大好时机，也是狄仁杰最后的机会了。狄仁杰和墨雨给武媚娘送饭，可武媚娘却伤心难受。明儿就是中秋，也是弘儿来到人间的第一个中秋，可弘儿却要在冷宫中度过，武媚娘自责是她这个做母亲的连累了弘儿。狄仁杰安慰武媚娘，劝武媚娘再挺一挺，一切都会过去的。太宗年间，武媚娘入宫为才人，获太宗宠爱，后来无端端地便被冷落贬为宫女。遇到了当时还是太子的皇上，才知道何为情爱。不久太宗病逝，武媚娘被送往感业寺削发为尼，幸得皇上未忘前情把她接入宫中。虽一波三折，终于还是顺利地诞下皇儿，她不明白自己为何要遭受如此多的考验。狄仁杰安慰武媚娘，是看武媚娘有没有勇气跟这个命运斗争。

禾府书斋虽布局奇怪，但狄仁杰却没有找到任何玄机之处，让红巾和蓝凌一起进去看看。狄仁杰还说季玄瑜并非第一次来这个宅子，他怀疑季玄瑜跟这个宅子有关系。蓝凌无意间发现了一间密室，推断季玄瑜是把人藏在这个密室之内，就说是飞升成仙了。天就快要亮了，狄仁杰安排红巾和蓝凌一起帮忙把这个宅子打扫干净。吉时已到，喜轿也在门外等候，喜婆喊莺莺要上轿了。狄仁杰等在禾府书斋门外，迎接皇上、皇后等人的到来。季玄瑜问狄仁杰昨夜是否诵读经书，狄仁杰称他昨夜一夜未眠，已经领悟了经书里的经文。飞升的吉时就要到了，季玄瑜向皇上提出她先带申天命入宅内诵经，吉时一到，申天命及时吹奏迎亲曲。

红巾和蓝凌是亲眼看见莺莺盖上红盖头上了喜轿，中间也没有看见莺莺下过喜轿，一直到莺莺下喜轿进来禾府书斋。狄仁杰便请阎立本帮忙在宫中打探下护送莺莺上喜轿的轿夫。长乐帮给狄仁杰送来一封信，说是找到了神镜书生。狄仁杰与墨雨决定去一趟长乐帮，红巾和蓝凌奇怪狄仁杰怎么会是长乐帮的帮主，阎立本便说此事说来话长。狄仁杰见到神镜书生，神镜书生听说过透光镜的事情。铜镜书中说镜子背面的图案可以在强光的照射下投到墙上，可狄仁杰看过季玄瑜的那面铜镜，镜子的背面根本没有任何狐狸的图案。神镜书生怀疑问题不是出在铜镜的背面，而是照镜子之人。

禾大人之前在长安有几处旧宅，狄仁杰安排红巾和蓝凌去那旧宅里看有什么线索，同时安排阎立本回到宫中继续关注飞升的事情。红巾和蓝凌刚来到那处宅子的门口，就听路过的百姓说这座宅子里闹鬼，晚上经常有女人的哭声。红巾和蓝凌来到院子，发现这并不是荒宅，而是有人居住，红巾怀疑住在这里的是那个跟季玄瑜长得一模一样的凶手。红巾和蓝凌在床铺上发现道姑的衣服和一把拂尘，此时却突然飞来一群蝙蝠，蓝凌的眼睛不幸被蝙蝠给啄伤了。

季玄瑜向皇上禀告长孙大人已经飞升了，而她与长孙大人相识一场，这是她应该做的。突然书斋内传来打斗的声音，正欲离开的皇上决定回书斋一探究竟，季玄瑜很是紧张。皇上看见墨雨与一个跟季玄瑜长得一模一样的人在打斗，狄仁杰向皇上解释那人便是季玄瑜的孪生妹妹，而长孙大人并没有飞升，狄仁杰请皇上随他去一次书斋，他定帮皇上把长孙大人找出来。狄仁杰带皇上来到书斋内，果真看到晕倒在地的长孙大人。狄仁杰给长孙大人喂了一药丸，长孙大人很快便醒来。长孙大人说起昨日狄仁杰来找过他，而他不但不听，还将狄仁杰赶了出去。在狄仁杰走后，长孙大人又梦见奇怪的事情，顿时明白这个世界上没有神仙，一切都是自己的心魔在作祟，所以便决定去找狄仁杰。

出宫之前，墨雨问及是否去太医署见慕容清，狄仁杰感叹自己不愿被勉强不想勉强别人。武媚娘得以复宠惹得王皇后和萧淑妃的强烈不满，二人也因季玄瑜之事相互埋怨挤兑，在宫中闹得鸡犬不宁。时隔不久，武媚娘再怀龙嗣，高宗派慕容清前去照料，王皇后要求武媚娘搬去凤琴殿，武媚娘为保母子平安只得顺从。媚娘身边的宫女六月道出风琴殿典故，原来此殿风水犯天罗煞，王皇后故意为之。

狄仁杰前去慕容清为蓝绫医治眼睛，红巾阻拦无果，气愤出走，墨雨连忙追上前去加以宽慰。狄仁杰向慕容清表示感谢，慕容清却道此事乃医女本分与他不相干。狄仁杰继续搜寻证据，夜晚约陈征来到独步林，为陈征再现鬼军出现的场景，但陈征却不相信狄仁杰的推断。守卫小顺的失踪，引得众人来到林中小屋，看到鬼将军高举巨石杀死小顺，陈征回忆父亲残缺手臂是被大力鹏将军扯断，相信鬼将军鬼魂作祟，并请道士做法封了独路林，狄仁杰劝说无果，道士作法之后要求中元节前不允许任何人踏入林中半步，陈征答应派人看守。狄仁杰推测鬼将军力举巨石之谜，发现铁桦木的蹊跷。

红巾和墨雨感情受挫酒馆买醉，二人决心在一起。狄仁杰恳请陈征借兵让其入林，被陈征拒绝。狄仁杰遇到慕容清，二人散步谈心，对彼此关系的恶化狄仁杰痛心无比。二人路遇迷路小童，一问之下方知家住李记糖葫芦附近，糖葫芦亦是慕容清儿时爱食，瞬间勾起二人的美好回忆。

狄仁杰射银针袭击黑衣人却被飞来的另一根银针击落，黑衣人又被闯来的神秘人所救。仁杰怀疑清子是神秘人，但又有蓝绫为其作证。狄仁杰为陈征展示鬼军如何消失，陈征却不肯相信，要仁杰举起巨石才彻底信服。蓝绫的眼睛有所好转，并出言袒护慕容清，引得红巾不满。仁杰在迎日亭找到飞鹰图案，又收到一封诗迷信，推断独路林案与洛红尘宝藏有关,且藏宝是“红尘六绝”之一——能医不自医，可治好蓝婈的眼睛，众人喜不自已，决定全力破解诗谜，却在在迎日亭遇伏，幸得慕容清出手相救才得以逃脱。

红巾无心的一句话反而提醒狄仁杰想起洛红尘的原罪，请来凌霄牧带领士兵帮忙搬动石塔，并在塔内燃起红烛，看到石壁上的投影，破解了迎日亭石塔阵之谜，得到了洛红尘留下的一封信与一袋碎石。根据信中的提示，狄仁杰准备寻找荒冢，凌霄牧上前举荐城内一名老石匠，狄仁杰却发觉凌霄牧的手臂有异。狄仁杰带着墨雨来到老石匠家中，却发现宅院破落不堪，正欲退出老石匠从石棺内爬出，狄仁杰从老石匠得知洛红尘修建亡妻墓地的过往。正当老石匠要说出墓地真相之时，却被飞来的毒针毙命。蓝绫道出女人都爱花，老石匠既说不是荒冢，那就有可能是香冢。狄仁杰和墨雨带上蜜蜂上独步林多方寻找。孰料，狄仁杰寻宝未果，却中了荒冢内的瘴毒。

仁杰与墨雨去药店买药，竟意外破解了鬼将军举起巨石之谜。狄仁杰为陈征成功展示了手举巨石，原来凶手用铁桦木更换了屋顶的椽木，以这根椽木为秤杆，可以轻易举起巨石。红巾再次提出慕容清与案件有关于狄仁杰理论，狄仁杰仍然不肯怀疑慕容清，就在二人争执不下之时，凌霄牧却传来陈征畏罪自杀的消息。陈征死在军营大堂且留下一封遗书，认下所有罪责，恳请皇上宽恕其家人。狄仁杰在桌案上居然发现了遗失许久的无字天碑，顿悟凶手想利用他找出宝藏，故意将无字天碑留下。红巾再次说出慕容清的疑点，大家经过分析开始怀疑鬼将军一案确与慕容清和凌霄牧有关。就在狄仁杰和红巾前往军营找慕容清一问究竟的时候，忽然接到飞刀传信，潜龙王绑架了慕容清，要他前往独路林。

面对一心求死的慕容清，潜龙王道出这是他二人的宿命，终有一日会让慕容清得以所偿。狄仁杰带着墨雨和红巾再次来到荒冢，找到和迎日亭前一模一样的石塔，大家斩除周边杂草，露出石阵全貌。面对墨雨的疑问，狄仁杰道出自己一定会留下“能医不自医”，因为不仅要救慕容清还要救蓝绫的眼睛，蓝绫在屋外听到此言，颇为欣慰。最终破解了宝藏谜题，打开了地宫大门。却遇黑衣人挟慕容清而至，众人地宫内争夺红尘六绝，激斗后蓝绫受伤，狄仁杰被逼进入生死门内。

生死门被打开，狄仁杰以烧毁粮绝威胁，逼退黑衣人，带领大家闯入生死门。走到岔路口，狄仁杰决定独自上路，大家不肯听从，要求生死与共。狄仁杰只愿与慕容清共生死，让墨雨带着红、蓝姐妹离开，但大家无人愿意独自偷生，执意留下相伴。狄仁杰和慕容清，墨雨和红巾、蓝绫各自进入一间密室，大家都以为进入死路，准备忘记前尘共度最后时光。狄仁杰和慕容清互吐衷肠，感叹终于打破了见面即时分离的魔咒。

潜龙王知道慕容清宁愿死在生死门里的密室里，也不愿回来，慕容清没有否认。潜龙王感慨大唐有狄仁杰是百姓的福气，他答应慕容清不到万不得已，不会伤害狄仁杰。潜龙王给狄仁杰送来一封信，信中说世上只有能医不自医能治疗蓝凌的眼睛，他要求狄仁杰拿就拿捏死你的温柔来交换。墨雨和红巾问狄仁杰信中写了什么，狄仁杰却说没什么，并让墨雨和红巾好好照顾蓝凌。狄仁杰可以勘破生死，却始终无法逃出一个情字。当初狄仁杰是为了参加科举才离开药王山庄，造福苍生是狄仁杰的理想。潜龙王现在要狄仁杰在理想和蓝凌的性命中做一个选择，他非常好奇狄仁杰会如何选择。

慕容清被关在大牢里，狄仁杰前去看望慕容清，他跪在地上恳求慕容清告诉他事情的真相。慕容清却说狄仁杰怀疑她，就处决她。狄仁杰没想到慕容清宁愿死也不告诉他真相，这是怪他当年离开药王山庄，所以才这样惩罚他。慕容清解释她能说的已经说了，现在只能同狄仁杰说对不起。

狄仁杰一行去看望武媚娘，红巾奇怪武媚娘怎么会住在风琴殿，武媚娘便将事情来龙去脉说了一遍。墨雨大骂王皇后心肠歹毒，见武媚娘得宠便三番五次地陷害，他好奇皇上为何不管这件事。武媚娘没有回答，宫女六月说后宫关系十分复杂，与朝堂势力盘根错节，有时就是皇上也没办法。而风琴殿之前住着徐婕妤，起初甚得先帝欢心，可是后来不知怎么就被冷落了。听着六月说着徐婕妤之事，武媚娘看着徐婕妤的那幅背影画有些害怕。

狄仁杰前往大理寺查验小公主的尸体，他发现小公主脖子上的掐痕还在，颜色还更深了。怀疑小公主被掐死只是假象，是凶手用来陷害武媚娘。阎立本向狄仁杰说起若不是他在朝堂上据理力争，武媚娘恐怕要被处置了。因为长孙大人和褚遂良咄咄逼人，李义府之前一直站在武媚娘这边，今天竟然临阵倒戈说是武媚娘神经错乱，失手杀死小公主的。蒋昊辰如此配合，冒着被削职的危险给狄仁杰他们行方便查验小公主的尸体。虽说如此，但狄仁杰还是对蒋昊辰心存疑虑。阎立本认为狄仁杰当务之急是找到杀害小公主的凶手，因为朝中只有一个许敬宗跟他站在一起，他担心再这样下去后果不堪设想。

红巾假扮宫女在王皇后身边说听见小公主的哭声，王皇后因害怕而躲开，结果却来到一个叫鬼门关的地方。狄仁杰一行在所谓的阎罗殿内审问王皇后，害怕恐慌的王皇后承认是她杀死的小公主，找元一道长作法想害武媚娘。只是让武媚娘迁宫是元一道长的主意，因为武媚娘连生一儿一女独占皇上恩宠，这让王皇后实在无法容忍。王皇后说她没有掐死小公主，而是元一道长给了她一瓶下了咒的符水，她将那符水涂抹在小公主的脖颈上。

红巾与王皇后讲述一些与小公主相关的事情，还跟王皇后说她听见小公主的哭声，王皇后因此非常害怕。狄仁杰指出六月做的事情跟红巾的是一模一样，六月一直不停地在讲徐婕妤的故事，而武媚娘因皇上的疏远已经非常难过，加上中了菌毒，在听了六月的话后会显得更加恐慌，以至于产生幻觉。六月并不是王皇后的人，而是真正凶手的幕后帮凶。狄仁杰准备去捉拿六月，结果六月却在花园里被人杀死了。六月在死前紧紧抓住一只玫瑰，狄仁杰分析六月是想通过玫瑰让他们知道凶手是谁。

狄仁杰开始破案，可是事发当天，凤琴殿的通风十分好，殿内的窗户都开着，小公主如何能被闷死呢？狄仁杰胸有成竹地拍了拍手，他召唤出一根竹竿，随着竹竿的伸出，一块不透气的布罩落了下来，正好盖住了小公主的摇篮，而这竹竿伸出的地方就是六月的房间，六月正是利用这个办法，将碳炉和摇篮一起罩在布罩内，杀死了公主。

狄仁杰准备大张旗鼓地寻找元一道长，红巾不免担心狄仁杰的安危，但狄仁杰却一副胸有成竹的模样，信心满满。红巾与墨雨各种搜寻，但是却没有一个人见过元一道长，他们不禁十分着急，两人寻寻觅觅，最终决定去问问城隍。于是，两人一起来到城隍庙，城隍果然不负众望，说出了道长的下落，就在一座破庙之中！

武媚娘烧了那封密函，狄仁杰指责武媚娘已经不是他三番五次不顾性命都要救的武媚娘，质问武媚娘究竟是为了什么。小公主本该在这里玩耍哭闹，只是现在却在冰冷的世界里。武媚娘提起弘儿受太子和两个太监欺负，太傅却什么都不管，所有的一切都是因为弘儿有一个善良、软弱、任人欺辱的母亲。而皇上没有保护过武媚娘，只有权利最重要。

慕容清被押着前来延嘉殿用玄丝神针给皇上治病，她要在皇上的百会穴上施针，说是只有这样才能缓解疼痛。狄仁杰担心皇上的安危，因此阻止慕容清在百会穴上给皇上施针。皇上现在是生不如死，他表示只要能缓解病痛，哪里施针都行。慕容清正为皇上施针，一旁的王福突然拿出刀子冲向皇上，慕容清发现后替皇上挡下了这一刀。

皇上不明白王福为何要刺杀他，王福颤抖地表示他也收到潜龙王的信。正说着话，王福也口吐白烟自爆而。皇上的命是慕容清救的，他是怎么都不相信慕容清跟潜龙王有关，因此准备下旨释放慕容清。案情还没有明了，武媚娘建议皇上凡事还是谨慎为好，虽说慕容清救了皇上，但还是先将武媚娘押回大理寺牢，待他日案情水落石出，慕容清若清白，皇上再还慕容清清白。

狄仁杰和墨雨吃不惯宫中的食物，便亲自给他们煮了水饺。墨雨感慨红巾变得贤惠了，红巾提起之前都是蓝凌做菜之事，而蓝凌能为心爱之人死，还是死在心爱之人的怀里，应该没有遗憾了。红巾问墨雨是否有遗憾，墨雨一直在单相思蓝凌，他认为暗恋本身就是最美好的遗憾，而他和红巾两人是暗恋的同道之人，调侃道他们两人在一起就没有遗憾了。

阎立本指出以前明有长孙无忌，暗有潜龙王，狄仁杰他们是无时无刻不在危险当中。正说着话时，有刺客闯入，墨雨、红巾与刺客交手，终究不敌刺客。刺客拿剑指向狄仁杰，狄仁杰却没有丝毫的畏惧。墨雨朝刺客的后背刺下一剑，刺客倒在狄仁杰身上，狄仁杰扯开刺客的面纱，吃惊发现刺客竟然是慕容清，赶紧吩咐墨雨拿药箱为慕容清疗伤。阎立本没想到第一个来刺杀狄仁杰的竟然是慕容清，墨雨是想留着活口盘问，因此才没有刺中要害，否则慕容清便没命了。

狄仁杰分析自爆案，宝石镶嵌在皮带的正中间，而宝石坚硬无比，却可以被炸得粉碎，所以他怀疑这个火药就藏在宝石皮带里，而启动这个装置的就是死者自己。蒋昊辰承认他输了，只是不明白狄仁杰怎么知道用铁笔攻击他的悬枢穴位来破解他的剑气。慕容清出现，是她出卖了蒋昊辰，因为蒋昊辰可以让她做任何事，但唯独不能让她杀了狄仁杰。

狄仁杰这辈子最忘不了的一幕就是在药王山庄，慕容清拿着一壶酒，问他要不要喝醉。那时只有星空月夜，只是现在不一样了。狄仁杰从未做过后悔的事，但当初把慕容清一个人留在药王山庄，是他这辈子最大的遗憾。狄仁杰向慕容清说对不起，劝慕容清回药王山庄。皇上饶恕了慕容清，慕容清决定留下来赎罪。

狄仁杰明白了，在芙蓉园被他杀死的是假扮的璞王，活过来的璞王也是别人假扮的，而真正的璞王就是当今的皇上。当日慕容清说服皇上到芙蓉园就是个阴谋，那样璞王可借机将他自己打扮成皇上回到宫中，璞王手中有女为悦己者容，所以想要做到这一点非常容易。皇上称病将皇位传给璞王，也就是潜龙王，这样璞王要坐拥天下便顺理成章了。

白乐天追上了狄仁杰等人，双方大打出手，就在此时慕容清赶到，她要求白乐天放了狄仁杰。打斗中，慕容清让狄仁杰跑得越远越好，永远不要回皇宫。墨雨独自一人保护皇上，正在力不从心之际，常振风带着长乐帮兄弟赶到加入战斗。

慕容清请求单独与狄仁杰说话，众人散去后，二人互吐衷肠，慕容清纠结于父亲与狄仁杰的关系中，最终选择了跳崖身亡，狄仁杰肝肠寸断心碎不已。皇上赶回皇宫中，濮王阴谋败露被抓，皇上下令将其终身囚禁于芙蓉园内。狄仁杰带着墨雨红巾回到汴州，怀着对慕容清的思念和爱继续生活。